MobyGames do Jim Leonard, Brian Hirt và David Berk (người đã gia nhập 18 tháng sau khi dự án bắt đầu, nhưng vẫn ghi trong phần tiểu sử là một người sáng lập) thành lập vào ngày 1 tháng 3 năm 1999, cả ba đều quen biết từ thời còn học trung học. Leonard đã nảy ra ý tưởng chia sẻ thông tin về trò chơi điện tử với một lượng khách lớn hơn. Cơ sở dữ liệu được bắt đầu bằng một số bài viết về các tựa game MS-DOS và Microsoft Windows, vì những người sáng lập đã quá quen thuộc với những hệ điều hành này. Vào ngày sinh nhật thứ hai của mình, MobyGames bắt đầu hỗ trợ các nền tảng khác, ban đầu hướng tới những hệ máy console thời đó như PlayStation và các hệ máy cũ xưa khác được bổ sung sau. Theo David Berk, những hệ máy mới này sẽ được thêm vào một khi có đủ thông tin để nghiên cứu thiết kế framework cần thiết dành cho chúng trong cơ sở dữ liệu, cũng như những người sẵn sàng để phê duyệt cho hệ máy mới.

Mùa hè năm 2010, các nhà sáng lập đã bán MobyGames cho GameFly với một số tiền không được tiết lộ.[9] Nguồn tin này chỉ được thông báo lại cho cộng đồng dưới dạng post factum, một vài người đóng góp lớn đã lên tiếng phản đối, từ chối làm công việc tình nguyện cho website hiện nay thuộc sở hữu thương mại. Đến tháng 9 năm 2013, hầu hết những người đóng góp chủ chốt đều ra sức tẩy chay MobyGames như một cuộc biểu tình chống lại một trang web đơn phương bị GameFly đại tu triệt để.[10] Cộng đồng đã trình báo về những tính năng thiếu sót, thiết kế nhạt nhẽo và chức năng bị suy giảm, và hiệu suất chậm hơn, là kết quả của việc đại tu.[11] Theo tiết lộ trên các diễn đàn, việc thiết kế lại từng được đưa ra xem thử một vài tháng trước đó cho một nhóm các thành viên đóng góp, chính họ đã chỉ ra nhiều lỗi và bác bỏ khái niệm mới, dù nó lại được đưa vào sản xuất bằng mọi giá. Ngày 18 tháng 12 năm 2013, MobyGames đã được Jeremiah Freyholtz mua lại, chủ sở hữu của Blue Flame Labs (một công ty phát triển web và game có trụ sở tại San Francisco) và VGBoxArt (một trang web về bìa hộp game do fan tạo ra).[12] Sau khi nắm quyền kiểm soát trang web này, Blue Flame Labs đã đưa giao diện của MobyGames trở về như cũ trước quá trình đại tu.[1] Sự hỗ trợ dành cho game chạy bằng đồng xu trên máy arcade đã được bổ sung vào tháng Giêng năm 2014.